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Recursos ZebraSTMe

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Aplicación ZebraSTM
ZebraSTM script

Jose Gonzalez-Fraga, Victor Dipp-Alvarez, & Ulises Bardullas. Zebrafish. 2019.

En los últimos años, la evaluación del movimiento espontáneo de la cola  (STM en inglés) en embriones de pez cebra ha ganado relevancia como modelo para el estudio del desarrollo del movimiento de vertebrados, además, está conducta se ha propuesto como un marcador sensible de toxicidad por exposición a contaminantes químicos. Anteriormente, la cuantificación automatizada de los STM sólo podia ser realizada utilizando software comercial del alto costo. Nuestro grupo desarrolló un código simple y confiable en MATLAB® llamado ZebraSTM, el cual permite automatizar el análisis del STM en múltiples embriones del pez cebra.

In recent years, the study of spontaneous tail movement (STM) in zebrafish embryos has gained relevance as a model for the study of vertebrate movement development. This behavior has been proposed as a sensitive toxicity marker due to exposure to chemical contaminants. Previously, automated STM quantification could only be performed using expensive commercial software. Our group developed a simple and reliable MATLAB® code called ZebraSTM, which allows automating STM analysis in multiple zebrafish embryos.

Video tutorial:
Video de muestra /
sample video:
Ejemplo / 
example:
foto.png
Para citar artículo / To cite this article:
http://doi.org/10.1089/zeb.2018.1688 
Manual ZebraSTM
ZebraSTM manual
Matlab_Logo.png
Código de MATLAB®
MATLAB® script 
Peso del archivo / File Size : 1 Mb
29184.png
Programa ejecutable
Executable 
Peso del archivo / File Size : 1.7 Gb
Aplicación ZebraSTM / ZebraSTM program
Videoteca / Video-Library

Videoteca / Video-library

Set
Número de videos / Number of videos
Ventana de tiempo / Time window (HPF)
Enlace para descargar / Link to download
Arsenico 1 / Arsenic 1
9
19-24
http://tinyurl.com/2r3k4k4w
Arsenico 2 / Arsenic 2
9
20-26
http://tinyurl.com/2fclneeb
Cafeina 1 / Caffeine 1
10
17-25
http://tinyurl.com/2enmmb2g
Cafeina 2 / Caffeine 2
10
18-26
http://tinyurl.com/2quu887y
Cafeina 3 / Caffeine 3
10
17-25
http://tinyurl.com/2zpynmqr
Cafeina 4 / Caffeine 4
10
18-26
http://tinyurl.com/2hr2jnsq
Cafeina 5 / Caffeine 5
6
19-25
http://tinyurl.com/2fqdoe5d
Cafeina 6 / Caffeine 6
8
20-24
http://tinyurl.com/2lnkujn6
Etanol 1 / Ethanol 1
6
19-23
http://tinyurl.com/2z9xw4on
Etanol 2 / Ethanol 2
6
20-24
http://tinyurl.com/2jt46wkx
Cafeina y Teofilina / Caffeine and Teophylline
9
23-28
http://tinyurl.com/2evxcykw
Coleo simple vs Coleo complejo / Simple coiling vs complex coiling
12
19-29
http://tinyurl.com/2oopt3x5
Anestesico / Anesthetic
18
17-26
http://tinyurl.com/2qfhjf7b
Recursos para docentes
Teacher resources
Archivo maestro
 
Master file 
 

El archivo maestro contiene la información sobre los sets de la videoteca. Permite al docente planear el montaje del laboratorio y decidir su enfoque educativo.

Las presentaciones pueden acompañar las explicaciones teóricas y el desarrollo de los experimentos.

The master file contains the information about the sets in the video-library. It allows the teacher to plan the laboratory's assembly and decide its educational approach. The slides can support the theoretical explanations and development of the experiments.

Estas presentaciones son material didáctico para apoyar las explicaciones en clase. Incluye dos sesiones: una con contenido teórico y otra con instrucciones para la práctica experimental.

This slides are didactic material to support classroom explanations. It includes two sessions: one with theoretical content and the other with instructions for experimental practice.

Presentaciones
 
Slides 
 
Rúbrica 
 
Rubric
 

Esta rúbrica permite la evaluación de los estudiantes. Incluye criterios que se promueven a lo largo del módulo como análisis de datos, estadística y discusión de resultados.

This rubric allows students' evaluation. It includes aspects that are promoted throughout the module such as data analysis, statistics and discussion of results.

Recursos para docentes / Teacher resources
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